Dokumentation zu Molekulargewichtsrechner ========================================= Beispiele: ---------- > mg CH3-CH2-OH --> 46.069 > mg -i CH3-CH2-OH --> 46.042 > mg "CH3-(CH2)2-OH" --> 60.096 > mg Boc-Ala-Aib-OMe --> 288.344 > mg Boc~AB~OMe --> 288.344 Optionen: --------- Mit der Option -i werden nur die haeufigsten Isotope benutzt. (nuetzlich bei Massenspektroskopie) Option -s gibt auch Summenformel aus. Mit der Option -p wird bei Peptidketten auch Variante mit Seitenketten-Schutzgruppen gerechnet. Abkuerzungen: ------------- Ausser allen Elementen bis Lr werden noch folgende zusaetzlichen Abkuerzungen erkannt: D Deuterium T Tritium Me Methyl CH3- Et Ethyl CH3-CH2- Bu Butyl CH3-CH2-CH2-CH2- Ph Phenyl C6H5- Bzl Benzyl C6H5-CH2- Ace Acetyl COCH3 (ab Version 1.8) Aminosaeuren immer ohne erstes H und letztes OH: Ala A Alanin Aib B AminoIsoButtersaeure (Methylalanin) Aha J Azidohomoalanin (statt CH3 eine CH2CH2N3 Gruppe) Arg R Arginin Asn N Asparagin Asp D Asparaginsaeure Cys C Cystein Gly G Glycin Gln Q Glutamin Glu E Glutaminsaeure His H Histidin Ile I Isoleucin Leu L Leucin Lys K Lysin Met M Methionin Oha O 4-Azidophenylalanin (inoffizielle Abkuerzung) Phe F Phenylalanin Pro P Prolin Ser S Serin Thr T Threonin Trp W Tryptophan Tyr Y Tyrosin Val V Valin U noch undefiniert X noch undefiniert Z noch undefiniert (als Aminosaeureabkuerzung) Z Schutzgruppe C6H5-CH2-O-CO- PZ oder Pz Schutzgruppe C6H5-N=N-C6H4-CH2-O-CO- MZ oder Mz Schutzgruppe CH3-O-C6H4-N=N-C6H4-CH2-O-CO- Boc Schutzgruppe (CH3)3C-O-CO- Fmoc Schutzgruppe (C6H4)2CHCH2-O-CO- Pbf Schutzgruppe (CH3)2(CCH2O)C6(CH3)3SO2- Ampp Gruppe -NH-CH2-C6H4-N=N-C6H4-CH2-CO- Bpy Bipyridyl Dmb Dimethyl-bipyridyl Diese Liste kann auf Wunsch noch erweitert werden. bekannte Fehler: ---------------- - Fehlermeldungen sind nicht sehr aussagekraeftig. z.B. CL-CH3 ergab "Unbekannt:-CH3" korrigiert: ergibt jetzt "Unbekannt:L-CH3" - "mg Ala" ergibt nicht Alanin (ohne Warnung), sondern mit "mg H-Ala-OH" wird MG von Alanin erhalten. Das muss so sein wegen Berechnung von Peptid-Ketten. Neu ab Version 1.8: ------------------ Peptidketten mit 1-Buchstaben-Abkuerzungen koennen jetzt eingeschlossen in zwei ~ (Tilde-Zeichen) eingegeben werden. Beispiele: Boc~AB~OMe --> 288.344 288.168 Ace~EMCAREMAAREMACRQ~NH2 --> 1927.3081 1925.8147 Neu ab Version 1.9: ------------------ Isotopenmarkierungen funktionieren jetzt auch. Mit z.B. ^13C wird ein markiertes C gezaehlt. Um ein schon gezaehltes C als markiert zu rechnen wird noch ein * davorgesetzt. Beispiele: H-Ala-OH --> 89.094 (89.048) H-NHCHCH3^13CO-OH --> 90.083 (90.048) H-Ala*^13C-OH --> 90.083 (90.048) HCl*H-Ala-OH --> 125.555 (125.024) HCl*H-Ala-OH*^18O2 --> 129.556 (129.035) (Ein * ohne nachfolgendes ^ hat immer noch die alte Bedeutung) Pz-Ala-OH --> 327.340 (327.122) Pz*^D11-Ala*^13C-OH --> 339.396 (339.191) Deuterium und Tritium sind Spezialfaelle. Statt *^2H wird also *^D und statt *^3H nur *^T geschrieben. Weiterer Spezialfall: *^s ersetzt ein O durch ein S in Kurzschreibweise von Peptidketten darf * auch weggelassen werden: H~AA^sA~OH --> H-AlaAla*^sAla-OH --> 247.318 (247.099) Neu ab Version 2.0: ------------------ Vereinfachte Programmstruktur: uebersichtlichere Tabellen in mgkern.c Verbesserte Fehlermeldungen: zu spaete Position des Fehlers korrigiert Die Summenformel (Elemente alfabetisch geordnet) wird jetzt auf Wunsch (Option -S) auch berechnet. (Version 2.02) Jetzt alle Elemente bis Cn (Ordnungszahl 112). Ab Ordnungszahl 104 sind die Massen aber ziemlich ungenau. Neu ab Version 2.03: ------------------- Option -P um Peptide mit Seitenketten-Schutzgruppen zu rechnen. Neu ab Version 2.06: ------------------- Sollte jetzt auch mit Windows funktionieren (CMake-Version: mgcalculator.exe). Neue Gruppen: Ampp, Bpy (Bipyridyl), Dmb (Dimethyl-bipyridyl) Letzte Aenderungen: 10.12.2018, 8.1.2022